Pymol做B因子图

分子动力学模拟结束后，获得蛋白的平均结构，
比如获得的平均结构为WT-average.pdb
然后将平均结构导入到Pymol 中，可以得到B因子图。

gmx rmsf -f md_0_100_noPBC.xtc -s md_0_100.tpr -o rmsf-per-residue.xvg -ox average.pdb -oq bfactors-residue.pdb -res

average.pdb和 bfactors-residue.pdb 都可以做B因子图

pymol里载入 average.pdb或bfactors -residue.pdb
然后选择 A/Preset/B factor putty

得到

大功告成

欢迎使用Markdown编辑器

你好！这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。

新的改变

我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Markdown编辑器功能，我们增加了如下几点新功能，帮助你用它写博客：

全新的界面设计 ，将会带来全新的写作体验；
在创作中心设置你喜爱的代码高亮样式，Markdown 将代码片显示选择的高亮样式 进行展示；
增加了 图片拖拽 功能，你可以将本地的图片直接拖拽到编辑区域直接展示；
全新的 KaTeX数学公式 语法；
增加了支持甘特图的mermaid语法¹ 功能；
增加了 多屏幕编辑 Markdown文章功能；
增加了 焦点写作模式、预览模式、简洁写作模式、左右区域同步滚轮设置 等功能，功能按钮位于编辑区域与预览区域中间；
增加了 检查列表 功能。

功能快捷键

撤销：Ctrl/Command + Z
重做：Ctrl/Command + Y
加粗：Ctrl/Command + B
斜体：Ctrl/Command + I
标题：Ctrl/Command + Shift + H
无序列表：Ctrl/Command + Shift + U
有序列表：Ctrl/Command + Shift + O
检查列表：Ctrl/Command + Shift + C
插入代码：Ctrl/Command + Shift + K
插入链接：Ctrl/Command + Shift + L
插入图片：Ctrl/Command + Shift + G
查找：Ctrl/Command + F
替换：Ctrl/Command + G

合理的创建标题，有助于目录的生成

直接输入1次#，并按下space后，将生成1级标题。
输入2次#，并按下space后，将生成2级标题。
以此类推，我们支持6级标题。有助于使用TOC语法后生成一个完美的目录。

如何改变文本的样式

强调文本 强调文本

加粗文本 加粗文本

标记文本

~~删除文本~~

引用文本

H₂O is是液体。

2¹⁰ 运算结果是 1024.

插入链接与图片

链接: link.

图片: Alt

带尺寸的图片:

居中的图片: Alt

居中并且带尺寸的图片:

当然，我们为了让用户更加便捷，我们增加了图片拖拽功能。

如何插入一段漂亮的代码片

去博客设置页面，选择一款你喜欢的代码片高亮样式，下面展示同样高亮的 代码片.

// An highlighted block
var foo = 'bar';

生成一个适合你的列表

项目
- 项目
  - 项目

项目1
项目2
项目3

计划任务
完成任务

创建一个表格

一个简单的表格是这么创建的：

项目	Value
电脑	$1600
手机	$12
导管	$1

设定内容居中、居左、居右

使用:---------:居中
使用:----------居左
使用----------:居右

第一列	第二列	第三列
第一列文本居中	第二列文本居右	第三列文本居左

SmartyPants

SmartyPants将ASCII标点字符转换为“智能”印刷标点HTML实体。例如：

TYPE	ASCII	HTML
Single backticks	`'Isn't this fun?'`	‘Isn’t this fun?’
Quotes	`"Isn't this fun?"`	“Isn’t this fun?”
Dashes	`-- is en-dash, --- is em-dash`	– is en-dash, — is em-dash

创建一个自定义列表

Markdown

Text-to- HTML conversion tool

Authors

John

Luke

如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。²

注释也是必不可少的

Markdown将文本转换为 HTML。

KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 $Γ (n) = (n - 1)! \forall n \in N$ 是通过欧拉积分

$int_0^infty t^{z-1}e^{-t}dt,.$

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式here.

新的甘特图功能，丰富你的文章

#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U {font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;fill:#333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .error-icon{fill:#552222;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .error-text{fill:#552222;stroke:#552222;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .edge-thickness-normal{stroke-width:2px;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .edge-thickness-thick{stroke-width:3.5px;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .edge-pattern-solid{stroke-dasharray:0;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .edge-pattern-dashed{stroke-dasharray:3;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .edge-pattern-dotted{stroke-dasharray:2;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .marker{fill:#333333;stroke:#333333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .marker.cross{stroke:#333333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U svg{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .mermaid-main-font{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-family:var(--mermaid-font-family);}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .exclude-range{fill:#eeeeee;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .section{stroke:none;opacity:0.2;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .section0{fill:rgba(102, 102, 255, 0.49);}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .section2{fill:#fff400;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .section1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .section3{fill:white;opacity:0.2;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .sectionTitle0{fill:#333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .sectionTitle1{fill:#333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .sectionTitle2{fill:#333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .sectionTitle3{fill:#333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .sectionTitle{text-anchor:start;font-family:'trebuchet ms',verdana,arial,sans-serif;font-family:var(--mermaid-font-family);}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .grid .tick{stroke:lightgrey;opacity:0.8;shape-rendering:crispEdges;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .grid .tick text{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;fill:#333;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .grid path{stroke-width:0;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .today{fill:none;stroke:red;stroke-width:2px;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .task{stroke-width:2;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskText{text-anchor:middle;font-family:'trebuchet ms',verdana,arial,sans-serif;font-family:var(--mermaid-font-family);}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutsideRight{fill:black;text-anchor:start;font-family:'trebuchet ms',verdana,arial,sans-serif;font-family:var(--mermaid-font-family);}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutsideLeft{fill:black;text-anchor:end;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .task.clickable{cursor:pointer;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskText.clickable{cursor:pointer;fill:#003163!important;font-weight:bold;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutsideLeft.clickable{cursor:pointer;fill:#003163!important;font-weight:bold;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutsideRight.clickable{cursor:pointer;fill:#003163!important;font-weight:bold;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskText0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskText1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskText2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskText3{fill:white;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .task0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .task1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .task2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .task3{fill:#8a90dd;stroke:#534fbc;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutside0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutside2{fill:black;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutside1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .taskTextOutside3{fill:black;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .active0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .active1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .active2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .active3{fill:#bfc7ff;stroke:#534fbc;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeText0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeText1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeText2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeText3{fill:black!important;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .done0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .done1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .done2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .done3{stroke:grey;fill:lightgrey;stroke-width:2;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneText0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneText1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneText2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneText3{fill:black!important;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .crit0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .crit1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .crit2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .crit3{stroke:#ff8888;fill:red;stroke-width:2;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCrit0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCrit1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCrit2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCrit3{stroke:#ff8888;fill:#bfc7ff;stroke-width:2;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCrit0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCrit1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCrit2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCrit3{stroke:#ff8888;fill:lightgrey;stroke-width:2;cursor:pointer;shape-rendering:crispEdges;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .milestone{transform:rotate(45deg) scale(0.8,0.8);}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .milestoneText{font-style:italic;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCritText0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCritText1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCritText2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .doneCritText3{fill:black!important;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCritText0,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCritText1,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCritText2,#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .activeCritText3{fill:black!important;}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U .titleText{text-anchor:middle;font-size:18px;fill:#333;font-family:'trebuchet ms',verdana,arial,sans-serif;font-family:var(--mermaid-font-family);}#mermaid-svg-vUM0sGFIClFNGM9U :root{--mermaid-font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;} 2014-01-07 2014-01-09 2014-01-11 2014-01-13 2014-01-15 2014-01-17 2014-01-19 2014-01-21 已完成进行中计划一计划二现有任务 Adding GANTT diagram functionality to mermaid

关于 甘特图 语法，参考这儿,

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图：

#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd {font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;fill:#333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .error-icon{fill:#552222;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .error-text{fill:#552222;stroke:#552222;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .edge-thickness-normal{stroke-width:2px;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .edge-thickness-thick{stroke-width:3.5px;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .edge-pattern-solid{stroke-dasharray:0;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .edge-pattern-dashed{stroke-dasharray:3;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .edge-pattern-dotted{stroke-dasharray:2;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .marker{fill:#333333;stroke:#333333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .marker.cross{stroke:#333333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd svg{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .actor{stroke:hsl(259.6261682243, 59.7765363128%, 87.9019607843%);fill:#ECECFF;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd text.actor>tspan{fill:black;stroke:none;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .actor-line{stroke:grey;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .messageLine0{stroke-width:1.5;stroke-dasharray:none;stroke:#333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .messageLine1{stroke-width:1.5;stroke-dasharray:2,2;stroke:#333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd #arrowhead path{fill:#333;stroke:#333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .sequenceNumber{fill:white;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd #sequencenumber{fill:#333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd #crosshead path{fill:#333;stroke:#333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .messageText{fill:#333;stroke:#333;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .labelBox{stroke:hsl(259.6261682243, 59.7765363128%, 87.9019607843%);fill:#ECECFF;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .labelText,#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .labelText>tspan{fill:black;stroke:none;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .loopText,#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .loopText>tspan{fill:black;stroke:none;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .loopLine{stroke-width:2px;stroke-dasharray:2,2;stroke:hsl(259.6261682243, 59.7765363128%, 87.9019607843%);fill:hsl(259.6261682243, 59.7765363128%, 87.9019607843%);}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .note{stroke:#aaaa33;fill:#fff5ad;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .noteText,#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .noteText>tspan{fill:black;stroke:none;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .activation0{fill:#f4f4f4;stroke:#666;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .activation1{fill:#f4f4f4;stroke:#666;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .activation2{fill:#f4f4f4;stroke:#666;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .actorPopupMenu{position:absolute;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .actorPopupMenuPanel{position:absolute;fill:#ECECFF;box-shadow:0px 8px 16px 0px rgba(0,0,0,0.2);filter:drop-shadow(3px 5px 2px rgb(0 0 0 / 0.4));}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .actor-man line{stroke:hsl(259.6261682243, 59.7765363128%, 87.9019607843%);fill:#ECECFF;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd .actor-man circle,#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd line{stroke:hsl(259.6261682243, 59.7765363128%, 87.9019607843%);fill:#ECECFF;stroke-width:2px;}#mermaid-svg-MJEOHKma6tyZzlKd :root{--mermaid-font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;} 张三李四王五你好！李四, 最近怎么样? 你最近怎么样，王五？我很好，谢谢! 我很好，谢谢! 李四想了很长时间, 文字太长了不适合放在一行. 打量着王五... 很好... 王五, 你怎么样? 张三李四王五

这将产生一个流程图。:

#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK {font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;fill:#333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .error-icon{fill:#552222;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .error-text{fill:#552222;stroke:#552222;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edge-thickness-normal{stroke-width:2px;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edge-thickness-thick{stroke-width:3.5px;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edge-pattern-solid{stroke-dasharray:0;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edge-pattern-dashed{stroke-dasharray:3;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edge-pattern-dotted{stroke-dasharray:2;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .marker{fill:#333333;stroke:#333333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .marker.cross{stroke:#333333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK svg{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .label{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;color:#333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .cluster-label text{fill:#333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .cluster-label span{color:#333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .label text,#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK span{fill:#333;color:#333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .node rect,#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .node circle,#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .node ellipse,#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .node polygon,#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .node path{fill:#ECECFF;stroke:#9370DB;stroke-width:1px;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .node .label{text-align:center;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .node.clickable{cursor:pointer;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .arrowheadPath{fill:#333333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edgePath .path{stroke:#333333;stroke-width:2.0px;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .flowchart-link{stroke:#333333;fill:none;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edgeLabel{background-color:#e8e8e8;text-align:center;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .edgeLabel rect{opacity:0.5;background-color:#e8e8e8;fill:#e8e8e8;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .cluster rect{fill:#ffffde;stroke:#aaaa33;stroke-width:1px;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .cluster text{fill:#333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK .cluster span{color:#333;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK div.mermaidTooltip{position:absolute;text-align:center;max-width:200px;padding:2px;font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:12px;background:hsl(80, 100%, 96.2745098039%);border:1px solid #aaaa33;border-radius:2px;pointer-events:none;z-index:100;}#mermaid-svg-vJQoreHaVdbMmUDK :root{--mermaid-font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;}

链接

长方形

圆

圆角长方形

菱形

关于 Mermaid 语法，参考这儿,

FLowchart流程图

我们依旧会支持flowchart的流程图：

Created with Raphaël 2.3.0 开始我的操作确认？结束 yes no

关于 Flowchart流程图 语法，参考这儿.

导出与导入

导出

如果你想尝试使用此编辑器, 你可以在此篇文章任意编辑。当你完成了一篇文章的写作, 在上方工具栏找到 文章导出 ，生成一个.md文件或者.html文件进行本地保存。

导入

如果你想加载一篇你写过的.md文件，在上方工具栏可以选择导入功能进行对应扩展名的文件导入，
继续你的创作。

mermaid语法说明 ↩︎
注脚的解释 ↩︎