高斯过程回归的权空间观点推导及代码实现

1.高斯过程简介

1.1定义

高斯过程是随机变量的集合,其中任意有限个随机变量具有联合高斯分布。

在函数空间(function-space view)的观点中,高斯过程可以看作是一个定义在函数上的分布,并且直接在函数空间中进行inference。

与之等价的观点是权空间观点(weight-space view),在权空间中进行推断,对权向量的不同抽样将产生不同的函数,这与函数空间观点是一致的,但是函数空间的观点更为直接和抽象。

:为方便起见,本文不刻意区分概率密度和概率质量函数,向量用小写字母如 x x x表示,矩阵用大写字母如 X X X表示,标量将作特别说明。

2.部分基础知识(已具备的直接跳至第3节)

2.1 部分矩阵计算基础

2.1.1 分块矩阵求逆

感兴趣可看推导过程,否则直接看最后结论。

设矩阵
( A B C D ) begin{pmatrix} A&B\ C&D end{pmatrix} (ACBD)
为可逆矩阵,下面求该矩阵的逆(推导是逆矩阵存在的假设下进行)。


( A B C D ) ( X Y ) = ( P Q ) begin{pmatrix} A&B\ C&D end{pmatrix} begin{pmatrix} X\ Y end{pmatrix}=begin{pmatrix} P\ Q end{pmatrix} (ACBD)(XY)=(PQ),
可得
{ A X + B Y = P … … ( 1 ) C X + D Y = Q … … ( 2 ) begin{cases} AX+BY=Pdotsdots(1)\ CX+DY=Qdotsdots(2) end{cases} {AX+BY=P(1)CX+DY=Q(2)
( 2 ) (2) (2)可得, Y = D − 1 ( Q − C X ) … … ( 3 ) Y=D^{-1}(Q-CX)dotsdots(3) Y=D1(QCX)(3)
( 3 ) (3) (3)带入(1)并移项整理可得,
X = ( A − B D − 1 C ) − 1 ( P − B D − 1 Q ) … … ( 4 ) X=(A-BD^{-1}C)^{-1}(P-BD^{-1}Q)dotsdots(4) X=(ABD1C)1(PBD1Q)(4)
( 4 ) (4) (4)带入 ( 3 ) (3) (3)整理可得,
Y = D − 1 ( Q − C ( A − B D − 1 C ) − 1 ( P − B D − 1 Q ) ) Y=D^{-1}(Q-C(A-BD^{-1}C)^{-1}(P-BD^{-1}Q)) Y=D1(QC(ABD1C)1(PBD1Q))
M = ( A − B D − 1 C ) − 1 M=(A-BD^{-1}C)^{-1} M=(ABD1C)1,其实 M M M就是关于 D D D的舒尔补(The Shur complements)。

分别令
{ P = I Q = 0 及 { P = 0 Q = I begin{cases} P=I\ Q=mathbf{}{0} end{cases}及 begin{cases} P=mathbf{}{0}\ Q=I end{cases} {P=IQ=0{P=0Q=I
其中 I I I为单位矩阵。
可得原分块矩阵的逆矩阵
( M − M B D − 1 − D − 1 C M D − 1 + D − 1 C M B D − 1 ) … … ( 5 ) begin{pmatrix} M&-MBD^{-1}\ -D^{-1}CM&D^{-1}+D^{-1}CMBD^{-1} end{pmatrix}dotsdots(5) (MD1CMMBD1D1+D1CMBD1)(5)

2.1.2 矩阵求逆引理

( A + B C D ) − 1 = A − 1 − A − 1 B ( I + C D A − 1 B ) − 1 C D A − 1 … … ( 6 ) (A+BCD)^{-1}=A^{-1}-A^{-1}B(I+CDA^{-1}B)^{-1}CDA^{-1}dotsdots(6) (A+BCD)1=A1A1B(I+CDA1B)1CDA1(6)
其中矩阵 A A A可逆。
证明:

设 ( A + B C D ) X = I 设(A+BCD)X=I (A+BCD)X=I,其中 I I I为单位矩阵,则可得
{ A X + B Y = I … … ( 7 ) Y = B C X … … ( 8 ) begin{cases} AX+BY=Idotsdots(7)\ Y=BCXdotsdots(8) end{cases} {AX+BY=I(7)Y=BCX(8)
( 7 ) (7) (7)可得 X = A − 1 ( b − B Y ) X=A^{-1}(b-BY) X=A1(bBY),并带入 ( 8 ) (8) (8)整理得
Y = ( I + C D A − 1 B ) − 1 C D A − 1 Y=(I+CDA^{-1}B)^{-1}CDA^{-1} Y=(I+CDA1B)1CDA1
回代得到
X = A − 1 − A − 1 B ( I + C D A − 1 B ) − 1 C D A − 1 X=A^{-1}-A^{-1}B(I+CDA^{-1}B)^{-1}CDA^{-1} X=A1A1B(I+CDA1B)1CDA1

2.2 多元高斯分布

2.2.1 联合分布

x x x是一个 n n n维向量,则其概率密度函数是
p ( x ) = 1 ( 2 π ) n 2 ∣ Σ ∣ 1 2 e x p { − 1 2 ( x − μ ) T Σ − 1 ( x − μ ) } … … ( 9 ) p(x) = frac{1} {(2pi)^frac{n}{2} begin{vmatrix} Sigma end{vmatrix} ^frac{1}{2} } exp{{ -frac{1}{2}(x-mu)^TSigma^{-1}(x-mu) }}dotsdots(9) p(x)=(2π)2nΣ211exp{21(xμ)TΣ1(xμ)}(9)

其中, Σ Sigma Σ μ mu μ分别是随机向量 x x x的协方差矩阵和均值向量。

多维高斯分布具有非常良好的性质:

  1. 边缘分布满足高斯分布。
  2. 条件分布满足高斯分布。
  3. 各分量的线性组合也是高斯随机变量。

2.2.2 条件概率分布

设随机向量 x x x符合多维高斯分布,将其分为不相交的两部分
x = ( x a x b ) x=begin{pmatrix} x_a\x_b end{pmatrix} x=(xaxb)

x x x的均值向量
μ = ( μ a μ b ) mu=begin{pmatrix} mu_a\mu_b end{pmatrix} μ=(μaμb)
协方差矩阵为
Σ = ( Σ a a Σ a b Σ b a Σ b b ) Sigma=begin{pmatrix} Sigma_{aa}&Sigma_{ab}\ Sigma_{ba}&Sigma_{bb} end{pmatrix} Σ=(ΣaaΣbaΣabΣbb)
精度矩阵为
Λ = Σ − 1 = ( Λ a a Λ a b Λ b a Λ b b ) Lambda=Sigma^{-1}=begin{pmatrix} Lambda_{aa}&Lambda_{ab}\ Lambda_{ba}&Lambda_{bb} end{pmatrix} Λ=Σ1=(ΛaaΛbaΛabΛbb)
其中协方差矩阵是正定的,因为其对称性, Σ a b = Σ a b T Sigma_{ab}=Sigma_{ab}^T Σab=ΣabT Λ a b = Λ a b T Lambda_{ab}=Lambda_{ab}^T Λab=ΛabT

注意这是分块矩阵,不能对每个矩阵块简单求逆,我们使用公式 ( 5 ) (5) (5),可得
Λ a a = ( Σ a a − Σ a b Σ b b − 1 Σ b a ) − 1 … … ( 10 ) Lambda_{aa}=(Sigma_{aa}-Sigma_{ab}Sigma_{bb}^{-1}Sigma_{ba})^{-1}dotsdots(10) Λaa=(ΣaaΣabΣbb1Σba)1(10)

Λ a b = − ( Σ a a − Σ a b Σ b b − 1 Σ b a ) − 1 Σ a b Σ b b − 1 … … ( 11 ) Lambda_{ab}=-(Sigma_{aa}-Sigma_{ab}Sigma_{bb}^{-1}Sigma_{ba})^{-1}Sigma_{ab}Sigma_{bb}^{-1}dotsdots(11) Λab=(ΣaaΣabΣbb1Σba)1ΣabΣbb1(11)

接下来,我们求在给定 x b x_b xb的条件下, x a x_a xa的条件概率分布。注意到高斯分布的形式主要取决于指数项,因此我们使用配方法来找出相应的均值和协方差矩阵,而不需要考虑归一化系数,就可以得到条件分布的形式。

指数项为
− 1 2 ( x a − μ a ) T Λ a a ( x a − μ a ) − 1 2 ( x a − μ a ) T Λ a b ( x b − μ b ) − 1 2 ( x b − μ a ) T Λ b a ( x a − μ a ) − 1 2 ( x b − μ b ) T Λ b b ( x b − μ b ) … ( 12 ) -frac{1}{2}(x_a-mu_a)^TLambda_{aa}(x_a-mu_a) -frac{1}{2}(x_a-mu_a)^TLambda_{ab}(x_b-mu_b) -frac{1}{2}(x_b-mu_a)^TLambda_{ba}(x_a-mu_a) -frac{1}{2}(x_b-mu_b)^TLambda_{bb}(x_b-mu_b)dots(12) 21(xaμa)TΛaa(xaμa)21(xaμa)TΛab(xbμb)21(xbμa)TΛba(xaμa)21(xbμb)TΛbb(xbμb)(12)
观察式(9)中指数项的形式,可发现精度矩阵出现在 x x x的二次项中,精度矩阵和均值的乘积出现在 x T x^T xT的线性项中,因此我们可得
Σ a ∣ b = Λ a a − 1 … … ( 13 ) Λ a b μ a ∣ b = Λ a a μ a − Λ a b ( x b − μ b ) … … ( 1 3 ′ ) Sigma_{a|b}=Lambda_{aa}^{-1}dotsdots(13)\ Lambda_{ab}mu_{a|b}=Lambda_{aa}mu_a-Lambda_{ab}(x_b-mu_b)dotsdots(13') Σab=Λaa1(13)Λabμab=ΛaaμaΛab(xbμb)(13)
由式(10)(11)可得
μ a ∣ b = ( μ a − Λ a a − 1 Λ a b ( x b − μ b ) ) … … ( 14 ) mu_{a|b}=(mu_a-Lambda_{aa}^{-1}Lambda_{ab}(x_b-mu_b))dotsdots(14) μab=(μaΛaa1Λab(xbμb))(14)
这样我们就得到了 p ( x a ∣ x b ) p(x_a|x_b) p(xaxb)的分布,我们发现它的协方差是不依赖与 x b x_b xb的,而均值是 x b x_b xb的线性函数,这实际上是线性高斯模型的一个例子。

2.2.3 简单的线性高斯模型及贝叶斯定理

贝叶斯公式:
p ( x ∣ y ) = p ( x ) p ( y ∣ x ) p ( y ) … … ( 15 ) p(x|y)=frac{p(x)p(y|x)}{p(y)}dotsdots(15) p(xy)=p(y)p(x)p(yx)(15)
我们设
x ∼ G a u s s i a n ( x ∣ μ , Λ − 1 ) y ∣ x ∼ G a u s s i a n ( y ∣ A x + b , L − 1 ) xsim Gaussian(x|mu, Lambda^{-1})\ y|xsim Gaussian(y|Ax+b, L^{-1}) xGaussian(xμ,Λ1)yxGaussian(yAx+b,L1)
其中 Λ 和 L Lambda和L ΛL x 和 y x和y xy的精度矩阵, y y y的均值为 x x x的线性函数。
接下来,我们想要知道 z = ( x y ) z=begin{pmatrix} x\ y end{pmatrix} z=(xy)的联合分布。

依然使用配方的方法,关注于指数项的系数。根据式(15)可得,
l n p ( z ) ∝ l n p ( x ) + l n p ( y ∣ x ) lnp(z)propto lnp(x)+lnp(y|x) lnp(z)lnp(x)+lnp(yx)
因此观察
− 1 2 ( x − μ ) T Λ ( x − μ ) − 1 2 ( y − A x − b ) T L ( y − A x − b ) -frac{1}{2}(x-mu)^TLambda(x-mu) -frac{1}{2}(y-Ax-b)^TL(y-Ax-b) 21(xμ)TΛ(xμ)21(yAxb)TL(yAxb)
整理二次项,有
− 1 2 x T ( Λ + A T L A ) x − 1 2 y T L y + 1 2 y T L A x + 1 2 x T A T L y = − 1 2 ( x T y T ) ( Λ + A T L A A T L L A L ) ( x y ) -frac{1}{2}x^T(Lambda+A^TLA)x -frac{1}{2}y^TLy +frac{1}{2}y^TLAx +frac{1}{2}x^TA^TLy\ =-frac{1}{2}begin{pmatrix}x^T&y^Tend{pmatrix} begin{pmatrix} Lambda+A^TLA&A^TL\ LA&L end{pmatrix} begin{pmatrix} x\ y end{pmatrix} 21xT(Λ+ATLA)x21yTLy+21yTLAx+21xTATLy=21(xTyT)(Λ+ATLALAATLL)(xy)
因此可得精度矩阵
R [ z ] = ( Λ + A T L A A T L L A L ) … ( 16 ) R[z]=begin{pmatrix} Lambda+A^TLA&A^TL\ LA&L end{pmatrix}dots(16) R[z]=(Λ+ATLALAATLL)(16)
根据公式(5)可得协方差矩阵,
C o v [ z ] = ( Λ − 1 Λ − 1 A T A Λ − 1 L − 1 + A Λ − 1 A T ) … ( 17 ) Cov[z]=begin{pmatrix} Lambda^{-1}&Lambda^{-1}A^T\ ALambda^{-1}&L^{-1}+ALambda^{-1}A^T end{pmatrix}dots(17) Cov[z]=(Λ1AΛ1Λ1ATL1+AΛ1AT)(17)
再观察一次项
x T Λ μ − x T A T L b + y T L b = ( x y ) T ( Λ μ − A T L b L b ) x^TLambdamu-x^TA^TLb+y^TLb=begin{pmatrix}x\yend{pmatrix}^T begin{pmatrix} Lambdamu-A^TLb\ Lb end{pmatrix} xTΛμxTATLb+yTLb=(xy)T(ΛμATLbLb)
由此并根据式(13’)(16)可得均值
E [ z ] = ( μ A μ + b ) … … ( 18 ) E[z]=begin{pmatrix}mu\Amu+bend{pmatrix}dotsdots(18) E[z]=(μAμ+b)(18)
这个结果也是符合我们的直觉的,由此可得 y y y的边缘分布为
E [ y ] = A μ + b … … ( 19 ) C o v [ y ] = L − 1 + A Λ − 1 A T … … ( 20 ) E[y]=Amu+bdotsdots(19)\ Cov[y]=L^{-1}+ALambda^{-1}A^Tdotsdots(20) E[y]=Aμ+b(19)Cov[y]=L1+AΛ1AT(20)

3.高斯过程回归的权空间观点推导

首先回想一般的线性回归模型,我们先不引入基函数,
y = x T w + ϵ y=x^Tw+epsilon y=xTw+ϵ
其中 y , e p s i l o n y,epsilon y,epsilon是一维变量,代表实际数据值, ϵ epsilon ϵ表示高斯噪声,我们假设
ϵ ∼ G a u s s i a n ( ϵ ∣ 0 , σ n 2 ) epsilon sim Gaussian(epsilon|0, sigma_n^2) ϵGaussian(ϵ0,σn2)
因此,由于训练样本 x x x是确定量,则
y ∣ w , x ∼ G a u s s i a n ( y ∣ x T w , σ n 2 ) y|w,x sim Gaussian(y|x^Tw, sigma_n^2) yw,xGaussian(yxTw,σn2)
下面规定 Y Y Y为实际数据值组成的向量, X X X为输入 x x x组成的矩阵,这里我们反常的规定 X X X的每一列为一个输入,样本为
{ ( x i , y i ) , i = 1 , 2 , … n } , 其 中 x i 为 N 维 向 量 {(x_i,y_i),i=1,2,dots n },其中x_i为N维向量 {(xi,yi),i=1,2,n},xiN
我们先做出 w w w的先验分布假设,设
w ∼ G a u s s i a n ( w ∣ 0 , Σ p ) … … ( 21 ) w sim Gaussian(w|0, Sigma_p)dotsdots(21) wGaussian(w0,Σp)(21)
Y的似然函数为
p ( Y ∣ w , X ) = ∏ i n p ( y i ∣ w , x i ) = G a u s s i a n ( Y ∣ X T w , σ n 2 I ) … … ( 22 ) p(Y|w, X)=prod_{i}^np(y_i|w,x_i)=Gaussian(Y|X^Tw,sigma_n^2I)dotsdots(22) p(Yw,X)=inp(yiw,xi)=Gaussian(YXTw,σn2I)(22)
根据贝叶斯定理以及式(19)(20)可得 w w w的后验分布
w ∣ Y , X ∼ G a u s s i a n ( w ∣ σ n − 2 A − 1 X Y , A − 1 ) w|Y,X sim Gaussian(w|sigma_n^{-2}A^{-1}XY,A^{-1})\ wY,XGaussian(wσn2A1XY,A1)
其 中 A = Σ p − 1 + σ n − 2 X X T 其中A=Sigma^{-1}_p+sigma_n^{-2}XX^T A=Σp1+σn2XXT

得到 w w w的后验分布之后,我们需要进行预测,即得到预测分布,给定测试样本 ( X ∗ , Y ∗ ) (X_*, Y_*) (X,Y),我们仍考虑测试样本点带有高斯噪声的情况。从根本上来说,我们最终想得到的不是带有噪声的样本值,而是得到生成这些数据的函数,这也符合定义中所述:高斯过程是一个定义在函数上的分布。假设预测的函数为 f ∗ f_* f

p ( f ∗ ∣ X ∗ , X , Y ) = ∫ p ( f ∗ ∣ X ∗ , w ) p ( w ∣ X , Y ) d w p(f_*|X_*,X,Y)=int p(f_*|X_*,w)p(w|X,Y)dw p(fX,X,Y)=p(fX,w)p(wX,Y)dw
f ∗ ∣ X ∗ , w ∼ G a u s s i a n ( f ∗ ∣ X ∗ T w , σ n 2 I ) f_*|X_*,wsim Gaussian(f_*|X_*^Tw,sigma_n^2I) fX,wGaussian(fXTw,σn2I)
这同样是一个线性高斯模型,我们需要求解边缘概率分布,由式(19)(20)可得
f ∗ ∣ X ∗ , X , Y ∼ G a u s s i a n ( f ∗ ∣ σ n − 2 X ∗ T A − 1 X Y , X ∗ T A − 1 X ∗ ) f_*|X_*,X,Ysim Gaussian(f_*|sigma_n^{-2}X_*^TA^{-1}XY,X_*^TA^{-1}X_*) fX,X,YGaussian(fσn2XTA1XY,XTA1X)
其中
A = Σ p − 1 + σ n − 2 X X T A=Sigma^{-1}_p+sigma_n^{-2}XX^T A=Σp1+σn2XXT
接下来,我们引入基函数,用基函数 ϕ ( . ) phi(.) ϕ(.)将样本输入 x i x_i xi映射到高维特征空间,用 ϕ ( x i ) 或 ϕ i phi(x_i)或phi_i ϕ(xi)ϕi来表示映射后的特征向量(feature vector,与eigenvector区分),用 Φ Phi Φ表示特征向量组成的矩阵。

f ∗ ∣ X ∗ , X , Y ∼ G a u s s i a n ( f ∗ ∣ σ n − 2 Φ ∗ T A − 1 X Y , Φ ∗ T A − 1 Φ ∗ ) … … ( 23 ) f_*|X_*,X,Ysim Gaussian(f_*|sigma_n^{-2}Phi_*^TA^{-1}XY,Phi_*^TA^{-1}Phi_*)dotsdots(23) fX,X,YGaussian(fσn2ΦTA1XY,ΦTA1Φ)(23)
其中
A = Σ p − 1 + σ n − 2 Φ Φ T … … ( 24 ) A=Sigma^{-1}_p+sigma_n^{-2}PhiPhi^Tdotsdots(24) A=Σp1+σn2ΦΦT(24)
但是显示表示一个合适的基函数(basis function)不是一件容易的事情,更别说加上一个先验的协方差矩阵,因此我们隐式的引入这一式子。

我们设 K = Φ T Σ p Φ K=Phi^TSigma_pPhi K=ΦTΣpΦ,我们先对式(24)进行处理。
等式两边同时左乘 A − 1 A^{-1} A1,右乘 Σ p Φ Sigma_pPhi ΣpΦ,进行整理并带入 K K K可得
A − 1 Φ = σ n 2 Σ p Φ ( σ n 2 I + K ) − 1 … … ( 25 ) A^{-1}Phi=sigma_n^{2}Sigma_pPhi(sigma_n^{2}I+K)^{-1}dotsdots(25) A1Φ=σn2ΣpΦ(σn2I+K)1(25)
将(25)式代入(23)的均值部分可得,
E [ f ∗ ] = Φ ∗ T Σ p Φ ( σ n 2 I + K ) − 1 Y E[f_*]=Phi_*^TSigma_pPhi(sigma_n^{2}I+K)^{-1}Y E[f]=ΦTΣpΦ(σn2I+K)1Y
利用矩阵求逆引理(6)可得 A − 1 A^{-1} A1并带入(23)的协方差部分,可得
C o v [ f ∗ ] = Φ ∗ T Σ p Φ ∗ − Φ ∗ T Σ p Φ ( σ n 2 I + K ) − 1 Φ T Σ p Φ ∗ Cov[f_*]= Phi_*^TSigma_pPhi_*-Phi_*^TSigma_pPhi(sigma_n^{2}I+K)^{-1}Phi^TSigma_pPhi_* Cov[f]=ΦTΣpΦΦTΣpΦ(σn2I+K)1ΦTΣpΦ
最后,我们引入核函数这个概念,设核函数 K ( X , X ) = Φ T Σ p Φ K(X,X)=Phi^TSigma_pPhi K(X,X)=ΦTΣpΦ,
以此类推, K ( X ∗ , X ) = Φ ∗ T Σ p Φ K(X_*,X)=Phi_*^TSigma_pPhi K(X,X)=ΦTΣpΦ K ( X ∗ , X ∗ ) = Φ ∗ T Σ p Φ ∗ K(X_*,X_*)=Phi_*^TSigma_pPhi_* K(X,X)=ΦTΣpΦ

我们这里介绍常用的高斯核函数 k ( x , x ′ ) = σ 2 e x p { ∣ x − x ′ ∣ 2 l } k(x,x')=sigma^2 exp{frac{|x-x'|^2}{l}} k(x,x)=σ2exp{lxx2},其中 l l l是高斯过程的length-scale,这里不做过多解释。

最后的形式为
E [ f ∗ ] = K ( X ∗ , X ) ( σ n 2 I + K ( X , X ) ) − 1 Y E[f_*]=K(X_*,X)(sigma_n^{2}I+K(X,X))^{-1}Y E[f]=K(X,X)(σn2I+K(X,X))1Y
C o v [ f ∗ ] = K ( X ∗ , X ∗ ) − K ( X ∗ , X ) ( σ n 2 I + K ( X , X ) ) − 1 K ( X , X ∗ ) Cov[f_*]= K(X_*,X_*)-K(X_*,X)(sigma_n^{2}I+K(X,X))^{-1}K(X,X_*) Cov[f]=K(X,X)K(X,X)(σn2I+K(X,X))1K(X,X)
至此,权空间视角的推导过程就结束了。

下面是python实现代码:

gaussian_process_regression.py

import numpy as np


class GaussianProcessRegressor:
    """
    kernel: RBF(sigma_overall, l_scale)
    alpha: noise, 1-D array or scaler
    """
    def __init__(self, kernel, sigma_overall, l_scale, alpha=0.):
        self.kernel = kernel(sigma_overall, l_scale)
        self.alpha = alpha

    def fit(self, X, y):
        X = np.asarray(X)
        y = np.asarray(y)
        self.train_x_ = X
        self.train_y_ = y

    def predict(self, X, return_cov=True, return_std=False):
        if return_cov and return_std:
            raise RuntimeError("return_cov, return_std can't be True in the same time")
        if not hasattr(self, 'train_x_'):
            y_mean = np.zeros(X.shape[0])
            if return_cov:
                y_cov = self.kernel(X, X)
                return y_mean, y_cov
            elif return_std:
                y_cov = self.kernel(X, X)
                return y_mean, np.sqrt(np.diag(y_cov))
            else:
                return y_mean
        K = self.kernel(self.train_x_, self.train_x_)
        L = np.linalg.cholesky(K + self.alpha * np.eye(self.train_x_.shape[0]))
        alpha = np.linalg.solve(L, self.train_y_)
        alpha = np.linalg.solve(L.T, alpha)
        y_mean = self.kernel(self.train_x_, X).T @ alpha
        v = np.linalg.solve(L, self.kernel(self.train_x_, X))
        y_cov = self.kernel(X, X) - v.T @ v + self.alpha * np.eye(X.shape[0])
        if return_cov:
            return y_mean, y_cov
        elif return_std:
            return y_mean, np.sqrt(np.diag(y_cov))
        else:
            return y_mean

    def sample_func(self, X, n_samples=1):
        y_mean, y_cov = self.predict(X, return_cov=True, return_std=False)
        sampled_y = np.random.multivariate_normal(y_mean, y_cov, size=n_samples)
        return sampled_y

kernel.py

import numpy as np


class RBFKernel:
    def __init__(self, sigma, scale):
        self.sigma = sigma
        self.scale = scale

    def __call__(self, x1: np.ndarray, x2: np.ndarray):
        m, n = x1.shape[0], x2.shape[0]
        K_matrix = np.zeros((m, n), dtype=float)
        for i in range(m):
            for j in range(n):
                K_matrix[i, j] = self.sigma * np.exp(-0.5 * np.sum((x1[i] - x2[j]) ** 2) / self.scale)
        return K_matrix

测试代码:

from gaussian_process import RBFKernel, GaussianProcessRegressor
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


def get_y(x, alpha):
    return np.cos(x)*0.3 + np.random.normal(0, alpha, size=x.shape)

observation_size = 6
gpr = GaussianProcessRegressor(RBFKernel, sigma_overall=0.04, l_scale=0.5, alpha=1e-4)
sample_size = 3

test_x = np.linspace(0, 10, 100)
prior_mean, prior_cov = gpr.predict(test_x, return_cov=True)
sample_ys = gpr.sample_func(test_x, n_samples=sample_size)
uncertainty = 1.96 * np.sqrt(np.diag(prior_cov))

plt.plot(test_x, prior_mean, label='mean')
plt.fill_between(test_x, prior_mean-uncertainty, prior_mean+uncertainty, alpha=0.1)
for i in range(sample_size):
    plt.plot(test_x, sample_ys[i], linestyle='--')
plt.legend()
plt.title('prior')
plt.show()  # 至此绘制先验分布

train_x = np.array([3, 1, 4, 5, 7, 9])
train_y = get_y(train_x, alpha=1e-4)

gpr.fit(train_x, train_y)
y_mean, y_cov = gpr.predict(test_x, return_cov=True)
sample_ys = gpr.sample_func(test_x, n_samples=sample_size)
uncertainty = 1.96 * np.sqrt(np.diag(y_cov))

plt.plot(test_x, y_mean, label='mean', linewidth=3)
plt.fill_between(test_x, y_mean-uncertainty, y_mean+uncertainty, alpha=0.1)
for i in range(sample_size):
    plt.plot(test_x, sample_ys[i], linestyle='--')
plt.scatter(train_x, train_y, c='red', marker='x', label='observation', linewidths=5)
plt.legend()
plt.title('posterior')
plt.show()  # 绘制后验分布

运行效果如下

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下次补充函数空间的观点。

本人大二,水平有限,若有不严谨之处,请见谅。

参考文献

[1]C. E. Rasmussen & C. K. I. Williams.(2006). Gaussian Processes for Machine Learning.7-29.

[2]Christopher M. Bishop.(2007). Pattern Recognition and Machine Learning. 78-93.